Dans les grandes lignes, la gouvernance de toutes les fondations créées par les paritaires obéissent aux mêmes règles de fonctionnement. Mais certains principes changent selon le statut.
Dotées d’un conseil d’administration, et d’un conseil scientifique qui doit éclairer les décisions de la première instance, les fondations ont un directeur ou délégué général, et des collaborateurs. Dans tous les cas, les administrateurs exercent bénévolement leurs fonctions. En fonction du statut, fondation d’entreprise – le cas le plus fréquent - ou fondation reconnue d’utilité publique (FRUP) –Médéric Alzheimer et Apicil-, certains principes varient.
La fondation d’entreprise est créée pour cinq ans au moins, avec un minimum de 150.000 euros sur la période et son conseil d'administration doit être composé pour les 2/3 au plus des fondateurs ou de leurs représentants et des représentants du personnel et pour 1/3 au moins, de personnalités qualifiées dans les domaines d'intervention de la fondation d'entreprise.
La FRUP exige plus de moyens, avec une dotation initiale minimum de 1 million d’euros, définitivement acquise, qui doit lui donner les moyens de tirer des revenus récurrents. Créée pour une durée plus longue, la FRUP doit aussi satisfaire d’autres règles, plus complexes, et le conseil doit comporter au moins trois collèges : les fondateurs - au plus 1/3 du total des sièges, les membres de droit, et les personnalités qualifiées. Depuis 2003, il n’est plus obligatoire d’avoir des représentants de l'État au conseil d'administration mais la fondation doit alors accueillir un commissaire du gouvernement à voix consultative.
En fonction de ces contraintes, les instances et les moyens mis en œuvre varient. A une extrême, le groupe AG2R La Mondiale, qui a voulu se tenir à sa dose de paritarisme, a mis sur pied un conseil d’administration de 33 administrateurs (et dix représentants paritaires au sein du collège des fondateurs, pour avoir un siège pour chaque organisation syndicale de salariés). A l’inverse le conseil de fondation Apicil ne compte que 12 personnes, dont quatre viennent du groupe paritaire. Sur le plan des équipes, les moyens mis en œuvre varient aussi de façon considérable.
AG2R La Mondiale, Ocirp, Carcep Prévoyance, Handicap Malakoff Médéric... En règle générale, les fondations ne comptent que sur deux ou trois salariés permanents et se reposent beaucoup sur les moyens logistiques du groupe qui les héberge. Dans certains cas, comme chez AG2R LA Mondiale, la responsable de la fondation est aussi en charge de la Responsabilité sociale et environnementale (RSE) pour le groupe. Chez Klésia, Emilie Delpit, directrice prévention et innovations sociales du groupe, est aussi directrice déléguée de la fondation Carcept Prévoyance
Les FRUP elles disposent de moyens propres, mais dans des proportions différentes : la fondation Apicil emploie deux personnes, la fondation Médéric Alzheimer de l’ordre de 25 personnes.
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